二次元電気泳動画像解析ソフトウェア
SameSpots
論文実績に優れた2Dディファレンシャル解析ソフトウェア
SameSpots：お客様の声
Testimonials & Case-Study
SameSpots ソフトウェア（旧 Progenesis SameSpots）は、世界各国の多くの研究者に使用されております。その中にはプロテオミクスの有名ラボや製薬会社、あるいは受託解析機関が含まれます。
その中から、いくつかの導入事例（ケーススタディ）とお客様からいただいた声をご紹介いたします。
導入事例
テキサス大学 医学部（ガルベストン校）
The University of Texas Medical Branch,
Biomolecular Resource Facility
“SameSpotsの基本的なコンセプト（イメージアライメント）は、定量における信頼性を大幅に向上させ、これはSaturation Dyeを用いた蛍光ディファレンシャル二次元電気泳動法で得られたゲルで実行された場合に特に威力を発揮します。SameSpotsの統計解析機能が、定量の信頼性をさらに高めます。さらに、SameSpotsは私たちの実験のスループットを向上させました。これは1年間のマンパワーと経費の莫大な節約につながります。細部まで配慮された適切なツールの利用すれば、生物学研究の分野を問わず、プロテオーム研究から莫大なかつ重要のデータを得られます。SameSpotsは、決定的で説得力のあるプロテオミクス研究に不可欠な画像とそれに続く統計解析を提供する、我々にとって紛れもなく不可欠な実験ツールの1つです”
John E. Wiktorowicz, Ph.D.
Associate Professor, Dept. Biochemistry & Molecular Biology Director, Proteomics Section
Mario Negri 創薬研究所（ミラノ）
Istituto di Ricerche Farmacologiche “Mario Negri”
“我々は2007年1月からSameSpotsを研究に使用しています。このソフトウェアは、我々のプロテオミクスワークフローを劇的に簡素化し、得られたデータの探索に新たな道を開いてくれました”
“SameSpotsを使い始めてから、2D画像解析のスピードが劇的に改善されました。私たちは、SameSpotsで 1 ゲルあたり 5 分以内で正確にアライメントし、そのあとのスポット解析を行っています。私たちは通常、スポット検出の補正を行うことなく、迅速で堅牢な、非常に再現性の高い分析結果を得られています。これは、私たちの実験結果のクォリティと信頼性に即座にプラスの効果をもたらします”
Dr Roberta Pastorelli
Head, Protein and Gene Biomarkers Unit Laboratory of Molecular Toxicology
ロンドン大学 セントジョージ校
Cardiovascular Sciences Research Centre,
St. George’s University of London
“これまでの2D解析ソフトウェアとSameSpotsの主な違いは、ゲルを分析するスピードです。SameSpotsを使用することで、マニュアル操作をほとんど必要とせず、より短時間でゲルの画像解析をできるようになりました。以前は数日かかっていた分析が、ゲルの枚数にもよりますが、数時間でできるようになりました。得られた結果は非常に頑健で再現性があります。マッチングも優れており、手作業によるスポット編集はほとんど必要ありません。また、ソフトウェアに含まれている統計解析機能はユーザーフレンドリーで、p値に加え、非常に便利なq値もpower値とともに表示されます。ワークフローはわかりやすく論理的で、視覚的にも魅力的です”
Dr. Ayesha De Souza
Senior Research Fellow, Cardiac Proteomics, Cardiac and Vascular Sciences, St. George’s University of London, London, UK.
Centre Paul Papin（ニース）
Centre Paul Papin
“以前使用していた2D解析ソフトウェアでは、3つの大きな問題がありました。1つめは、マスターゲル上に多くのランドマークを加えることに多大な時間を費やしたにもかかわらず、ソフトウェアがアライメントの段階で多くのミスを犯すことです。2つめは、マスターゲルに欠失しているスポットがある場合、そのスポットが検出対象から漏れて分析されませんでした。最後に、以前のソフトウェアは使い勝手が悪く、分析に手間がかかりました”
“SameSpotsはとても使いやすく直感的でわかりやすいので、作業するのが本当に楽しいです。画像のアライメントステップは、100％マッチしているという安心感を与えてくれますし、統計分析ツールは、統計学を専門としない生物学者にもわかりやすいように完璧に設計されています。SameSpotsの開発・改良には満足しています”
Prof Catherine Guette
Proteomics platform leader, Laboratoire d’oncopharmacologie, Nice, France
その他のお客様の声
“我々のラボが、二次元画像解析ソフトウェアをSameSpotsに変えたのは、SameSpotsを使うことでDIGE実験の解析がよりロバストになったからです。これまでと違い「欠損データ」の問題もなく、統計ツールも豊富です。もう一つの大きな要因は、TotalLab社が継続的にソフトウェアを改善し、顧客のニーズや提案に応えるために顧客と密接にコミュニケーションをしてくれることです”
Mike Dunn
Professor of Biomedical Proteomics, UCD Conway Institute, Ireland and Vice-President of the British Society for Proteome Research, Dublin, Ireland
“SameSpotsのおかげで、2D-DIGE解析に必要な時間が大幅に短縮されました。現在では、以前のサプライヤーのソフトウェアを使用していた時の 1/4 以下の時間で分析を完了することができ、同時に優れたゲルアライメントとスポットマッチング機能により、より一貫性のある信頼性の高い結果を得ることができています。また、SameSpots は非常に使いやすく、ゲル間のスポット編集を、各ゲルを個別に訪問してすべて変更するのではなく、ワンクリックで簡単に行うことができます。私は、SameSpotsが給料の時間だけですぐに元が取れることを確信しています”
Todd M. Umstead
Pennsylvania State University College of Medicine
“SameSpotsはユーザーフレンドリーでわかりやすいソフトウェアです。解析スピードは、競合ソフトウェアと比較して 4 倍速く終わります。分析に必要なユーザーの介入を最小限に抑えることで、プロセスをスピードアップし、個々のユーザーに依存しない結果の再現性を保証します。SameSpotsの導入により、迅速な2Dゲル解析ワークフローを構築し、正確で再現性の高いデータを作成することが可能になります”
Dr Katja Schlink
Research Centre for Agriculture and Forestry, Laimburg, Italy
“リール大学の修士クラスで教えるために、私はお気に入りの分析ソフトとしてSameSpotsを選びました。その大きな利点は統計モジュールです！最後になりましたが、Totallab社のメンバーは非常に有能で、私のどんな問題でも解決してくれます”
Estelle Goulas
Université de Lille-Sciences et Technologies, France
“私たちは現在、われわれ自身の研究プロジェクトや、遺伝学とマルチオミクスの修士課程プログラムの学生のトレーニングや教育にSameSpotsを使用しています。このソフトウェアは非常に使いやすく、操作も簡単です。ゲル間のスポット検出とスポットマッチングに使用されるアルゴリズムは高速で正確です。手作業による編集はほとんど必要ないため、偏りのない統計解析の信頼性が高まります。統計パッケージは使いやすく、解釈も簡単です”
“SameSpotを際立たせているのは、TotalLab社のチームが提供する比類ないサポートです。販売とビジネス開発の責任者であるSteven Dodd博士は、常に学生や私に継続的なサポートを提供してくれました”
Vaksha Patel
Head of Genetics and Multiomics in Medicine Master's course, UCL, London
“私は2014年から従来の2次元ゲル解析とDIGE解析の両方でSameSpotsを使用しています。SameSpotsは、ゲルアライメント、スポットピッキング、解析、統計、結果報告など、堅牢で使いやすい解析を可能にしてくれます。また、SameSpotsはその後も改良が重ねられ、使いにくさを感じたことは一度もありません”
Hasan Ufuk Celebioglu
Associate Professor Department of Biotechnology, Bartin University, Bartin, Turkiye
参照文献
二次元電気泳動画像解析ソフトウェアを比較検証した文献の例をご紹介いたします。
“DeCyder ソフトウェアとSameSpots ソフトウェアは、画像のアップロードと解析プロジェクトの生成の点では同等である。しかし、SameSpotsは、以前から言われているように（Silva et al.2010）、解析者のマニュアル操作による介入を行う可能性と必要性が少なく、一方向のわかりやすいワークフローと合わせて、より直感的な操作が可能である。さらに、スポット検出の前に画像アライメント（とワーピング）を行うことで、DeCyderでは多大な時間を要するスポットマッチングを行う必要がなく、定量分析に費やす時間を大幅に削減することができる”
“SameSpotsはマッチング精度という点で他の2つのソフトウェアの性能を上回った。これはおそらくその新しいアプローチ、つまり全てのゲルで同一のスポットのアウトラインを持つことことによる。興味深いことに、統計解析の結果は、ワークフロー、アルゴリズム、デフォルト設定の違いにより、ソフトウェア間で一貫性が得られなかった。タンパク質の相対的な発現量の変化率は、ソフトウェアパッケージによって大きく異なっており、これは内部標準を用いたとしても、定量結果がソフトウェアに依存することを示している。今後のチャンレンジは、よりインテリジェントなソフトウェアによるサンプル間の自動最適化、あるいはパラメーターを必要としない新たな手法によって、ユーザーがコントロールしなければいけない設定を減らす、あるいはなくすことである”
他社の販売中止製品をお使いの方に
サポートが終了された二次元電気泳動解析ソフトウェアをご使用の方は、SameSpotsに変更することで、解析スピードと解析の信頼性を圧倒的に改善していただくことができます。