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Empiria Studio ソフトウェア

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特長

質の高い定量ウェスタンブロットデータ解析を!

美しいウェスタンブロット画像=質の高い定量データ?

説得力の高いウェスタンブロットデータのために美しいブロット画像は大切です。
しかし、ブロット画像=最終的な科学データではありません。

優れた定量ウェスタンブロットデータ(定量性と再現性の高いデータ)を画像から得るにはその数値化プロセスが大切です。
質の高い定量ウェスタンブロットデータのためには、質の高い画像だけでなく、質の高い数値化プロセスが必要です。

Empiria StudioTMが質の高い定量ウェスタンブロットデータをヘルプします!

Empiria StudioTM ソフトウェアは、LI-COR社とトップジャーナルのコラボレーションのもと作られたソフトウェアです。
Empiria StudioTM ソフトウェアを用いることにより、最新の論文投稿ガイドラインを満たす質の高い定量ウェスタンブロットデータを、主観を可能な限り排除しながら、迷いなく誰でも簡単に短時間で取得していただけます。

Empiriaディスプレイ

Empiria StudioTM ソフトウェアは、すべてのOdyssey®ユーザーにお使いいただけます。

30日間の試用版ソフトウェアはこちらです。
デモ画像は本ページ下の「資料ダウンロード」から手に入れていただけます。

質の高い定量ウェスタンブロットデータとは?

AccuracyとReproducibilityが高いデータが優れた定量データといえます。
Reproducibility Crisisが言われる昨今、定量ウェスタンブロットの質の向上が求めて、論文投稿ガイドラインが変わりつつあります。
最新の論文投稿ガイドラインでは従来よりも厳密な定量ウェスタン解析が求められています。

最新の論文投稿ガイドラインをご存知ですか?

定量ウェスタンブロッティングの論文投稿ガイドラインが変わってきています。
以下にウェスタンブロットデータのエキスパートでありトップランナーであるJournal of Biological Chemistry(JBC)の最新の論文投稿ガイドラインの要点をまとめました。

① 抗体の特異性

  • 全ての抗体の特異性を記事述することが求められる。
    “A description of the data supporting the specificity of all antibodies is required. In cases where novel antibodies are used, we are asking authors to describe how the antibody was made, including preparation and purification of the epitope/antigen, and also to provide data validating the specificity of the antibody. “

② リニアレンジのバリデーション

  • シグナル強度が抗原量に対して直線性のある範囲で解析を行う。
    “Record how data were obtained, whether signal intensity was linear with antigen loading, and how protein loading was normalized. Some detection methods (e.g., ECL) have a very limited linear range.”
  • 目的タンパク質のシグナル強度だけでなく、ローディングコントロールのシグナル強度も同時に直線性が確保されるサンプルローディング量で実験を行うことが求められています。
    このCombined Linear Rangeのホワイトペーパーはこちらです。

③ ノーマライゼーション

  • 可能であれば総タンパク質染色によるノーマライゼーションが望ましい。
    ハウスキーピングタンパク質によるノーマライゼーションを行った場合は、実験処理(実験群)により発現変動がないことを証明する。
    “Normalize signal intensity to total protein loading (assessed by staining membranes for total protein) whenever possible. “House-keeping” proteins should not be used for normalization without evidence that manipulations do not affect expression.”
  • 抗リン酸化抗体によるシグナル強度は同じターゲットタンパク質の総タンパク質発現レベルで補正する。
    “Phospho-specific antibody signals should be normalized to total levels of the target protein.”

④ リプリケーションと統計

  • テクニカルリプリケートとバイオロジカルリプリケートそれぞれのN数を明確に記述して説明する。
    “N values, including those for technical and biological replicates, should be clearly stated and explained. Whenever possible, use scatter plots rather than bar graphs.”
  • 実験のバラつきを標準偏差(SD)あるいは95%信頼区間(CI)としてレポートする。
    “Reporting experimental variability. The standard deviation (SD) or confidence intervals (CI) should be used to report the variation/precision of each data set, with appropriate documentation.”

⑤ 画像データ

  • 論文筆者はオリジナル画像(生画像)の提出を求められるかもしれない。
    “Authors may also be asked to provide original data for review.”
  • 画像データの解像度は300 dpi以上でないといけない。
    “The minimum acceptable resolution for all figures is 300 dpi. “

Cited from

Empiria StudioTM ワークフロー

Empiria StudioTM ソフトウェアによるワークフローは、大きく分けて「バリデーションステップ」と「解析ステップ」の2つから成ります。
Empiria StudioTM ソフトウェアで解析できるデータはImage StudioTM ソフトウェアからエクスポートしたZipファイルです。

1. バリデーション(バリデーション用ブロットの解析)

抗体バリデーション画面

抗体バリデーション

使用する一次抗体(一次抗体と二次抗体の組み合わせ)が目的のタンパク質に特異的に反応することを確認します。

バリデーションの結果はデータベースとして登録していつでも呼び出して論文投稿データとしてご使用していただけます。

直線性バリデーション画面

直線性バリデーション

抗原量とシグナル強度の間に直線性の得られるローディングサンプル量を決定します。

目的タンパク質の直線性だけでなくローディングコントロールにも同時に直線性が得られるCombined Linear Rangeを決定することが求められます。

総タンパク質染色補正、ハウスキーピングタンパク質補正、修飾タンパク質/全タンパク質比のすべてのノーマライゼーション方法で必要とされるステップです。

ハウスキーピングタンパク質のバリデーション画面

ハウスキーピング・タンパク質のバリデーション

ローディングコントロールにハウスキーピングタンパク質を使用する場合は、実験処理(実験群の違い)によりそのハウスキーピングタンパク質が生理的に発現変動しないことを確認する必要がございます。

ハウスキーピングタンパク質を内部標準とする場合は、上記の直線性バリデーションに加えて、このバリデーションも行うことを求められています。

2. 解析(実験群間の発現変動の解析)

ノーマライゼーション解析画面

ノーマライゼーション解析

実験群間での発現変動を解析します。

すべてのノーマライゼーション法で、ソフトウェアが自動的に補正計算を行います。
平均値、標準偏差、実験群間の発現比、実験群間の%変化などの算出だけでなくグラフ化まで自動的に行います。

リプリケート解析画面

リプリケート解析

定量ウェスタンブロットの数値解析を正確に行うにはリプリケート実験が大切です。
リプリケートにはTechnical replicationとBiological replicationがございます。

Empiria StudioTM ソフトウェアは、同一ブロット(同一のメンブレン)だけでなく、異なるブロット(異なるメンブレン)からでも、平均値、標準偏差、実験群間の発現比、実験群間の%変化などを算出してグラフ化します。

3. レポート作成と論文投稿

es-share-data

レポート作成と論文投稿

Empiria StudioTM ソフトウェアによる解析結果は、Empiria StudioTM ライセンスを持つ他のユーザー様やパブリッシャーと簡単にデータシェアしていただけます。

また、すべての解析結果はPDFファイルやCSVファイルとしてエクスポートできます。

  • PDFレポート
    画像、データテーブル、グラフを含むPDF形式の実験レポート
  • CSVファイル
    数値データ、エクセルで閲覧・編集・計算可能。
  • 画像/グラフデータ
    画像やグラフデータをパブリッシャーが求める形でエクスポート可能。
  • Experimental File
  • 画像、数値データ、実験
    詳細、結果を1つのファイルとしてエクスポートできます。このファイルは他のEmpiria StudioTMライセンスで開いて閲覧と編集が可能です。

Empiria StudioTM ソフトウェアによるワークフローの全体像は下の図をご覧ください。

Empiria Studioワークフロー

30日間の試用版ソフトウェアはこちらです。デモ画像は本ページ下の「資料ダウンロード」から手に入れていただけます。

再現性を改善するバックグラウンド補正を採用

定量ウェスタンブロットの数値化解析において、バラつきを引き起こす大きな要因の一つがバックグラウンド補正です。

Empiria StudioTM ソフトウェアでは、“Adaptive Background Substraction(ABS)method”を使うことによりこの課題を解決しています(特許取得)。
主観的なバックグラウンド補正を排除することによりデータ再現性を向上していただけます。

バックグラウンド補正

Quantitative analysis with Empiria Studio was more reproducible than local and global background subtraction. Multiple users analyzed the designated bands (arrowheads on the image) using local, global/user-defined, and Empiria Studio Adaptive Background Subtraction. Variability of background-corrected band intensity, expressed as the mean % CV of the quantitative results for that image, was compared for each background subtraction method. In this figure from the Adaptive Background Subtraction White Paper, faint bands were surrounded by background in sample lanes. The graph shows the mean CV for each method (error bars show standard deviation, n = 6).

Adaptive Background Subtractionのホワイトペーパーはこちらです。

30日間の試用版ソフトウェアはこちらです。デモ画像は本ページ下の「資料ダウンロード」から手に入れていただけます。

ウェビナー

仕様

対応OS

Microsoft Windows® 7 あるいは10 64ビット版(日本語OSも可)
 ※Windows® 8もスクラム社で動作確認済。
 ※32ビットOSには対応しておりません。

MAC® OS Sierra あるいは High Sierra

対応メモリ容量 8 GB 以上
対応ディスプレイ解像度 1320 x 800ピクセル以上
ライセンス形式 インターネットアクチベーション(1メールアドレスにつき1ライセンス)
対応ファイル形式 Image StudioTM zip file
対応装置

Odyssey® CLx
Odyssey® Fc
Odyssey® Classic
Odyssey® Sa
Odyssey® Aerius

※ Odyssey® Classic / Sa / Aeriusをお使いでImage StudioTM ソフトウェアが導入されていない場合はお問い合わせください。

30日間の試用版ソフトウェアはこちらです。
デモ画像は本ページ下の「資料ダウンロード」から手に入れていただけます。

資料ダウンロード

日本語資料

カタログ

 

英語資料

Tutorial Images (Sample Images)

Antibody Validation Files

Linear Range Validation Files: Total Protein Stain + Target

Linear Range Validation Files: Housekeeping Protein + Target

House-Keeping Protein Validation Files

Analysis Files: Total Protein Stain + Target

Analysis Files: Housekeeping Protein + Target

Guide for Tutorial Images (Sample Image Guide)

Sample Image Guide

Where to Begin

Two-page Getting Started Guide

Infographic Overview of the Concepts Behind Empiria Studio Workflows

Tutorial Videos

Getting Started

Antibody Validation

Housekeeping Protein Validation

Linear Range Determination using REVERTTM Total Protein Stain

Target Analysis using a Total Protein Stain for Normalization

Target Analysis using either a Housekeeping Protein or a Post-translationally Modified Protein for Normalization

Replicate Analysis

Creating a Publication Package

White Papers

Adaptive Background Subtraction

Linear Range Determination

関連製品

この製品に関するお問い合わせ

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